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2020年10月，在东京与首相菅义伟会晤后，日本学术会议会长梶田隆章向记者讲话。（图片来源：KYODO VIA AP IMAGES）
日本首相菅义伟上任不久，一系列举动招致科研界不满。
2020年10月，菅义伟否定了日本学术会议（该国最高科学咨询委员会）提交的会员名单，从105人中剔除了6人。尽管经费来源于国家，日本学术会议此前一直拥有人事决定权，政府不得干预。
之后，菅义伟所在的自民党提议，希望日本学术会议成为部分经费自筹的独立实体。分析称，这一系列举措凸显了自民党与日本学术会议间的紧张关系。
日本学术会议由210名会员组成，任期6年，每3年改选半数105人。为反思二战期间日本科研与军国主义过往甚密，该组织在成立之初便明确要保持学术自由，敦促科研人员与军事研究保持距离。2017年，该组织在公开声明中明确反对军事研究。
对于拒绝6名学者加入日本学术会议的做法，菅义伟从未明确解释过，但这6人此前都批评过自民党的有关政策。
该事件引发日本国内和国际关注。2020年11月，国际科学理事会主席达亚·瑞迪(Daya Reddy)在给梶田隆章的信中提及此事，“我们……非常严肃认真地看待此事对日本科学自由的影响”。
据《科学》报道，不少法律界人士认为，根据日本宪法，菅义伟拒绝学者入会的举动并不合法，但由于日本学术会议是首相办公室下的特殊组织，属于政府实体，亦无法要求法官推翻首相决定。
之后，自民党提议将日本学术会议列为独立法人实体。表面看，改革后，日本学术会议的地位将类似于国立科学院，但提议中还包括其他条款，日本学术会议无法拥有其他科学院一样的自治权。
目前，日本政府无权干涉日本学术会议的经费使用，但改组后，若日本学术会议必须向政府或其他实体收取咨询报告费用以获得支持，那么政客可以选择要调查咨询的问题。
同月，日本学术会议在一份报告中建议，不应将其作为独立法律实体，大会现行形式与其他国家的学术机构在代表国家方面的角色保持一致。
但这一报告并没有让自民党罢休。日本科技政策大臣井上信治（Shinji Inoue）曾在去年年底敦促首相继续研究如何让日本学术会议成为独立组织，这位领导人还要求日本学术会议的领导人迅速采取行动，以最终确定改革建议。
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